W czasach, o których mowa Polska od wielu lat była już monarchią elekcyjną. Po przedwczesnej śmierci króla Stefana Batorego w roku 1587 sejm królem obrał młodego, 22-letniego, Zygmunta III, syna króla szwedzkiego Jana III Wazy i Katarzyny Jagiellonki - córki Zygmunta Starego i Bony Sforzy. Po śmierci ojca Zygmunt w roku 1592 wszedł także w posiadanie korony szwedzkiej. Konflikt z magnaterią i duchowieństwem luterańskim doprowadził do pozbawienia go władzy w Szwecji i rozpoczął tym samym długi okres konfliktów i wojen polsko-szwedzkich, które uwikłały Rzeczpospolitą nie tylko za jego rządów, ale także za rządów jego następców.

Zygmunt III Waza zostawił licznych potomków. Z jego małżeństwa z Anną Habsburżanką (zmarłą w 1598 roku) narodziło się pięcioro dzieci, z których przeżył tylko pierworodny syn Władysław (urodzony w 1595). W roku 1605 król poślubił siostrę Anny, Konstancję. Miał z nią siedmioro dzieci, z których pięcioro przeżyło. Smutek króla po stracie zmarłego po kilku miesiącach od porodu, w roku 1608, syna Kazimierza ukoiły kolejne narodziny rok później syna Jana Kazimierza. Następnie narodziny kolejnych dzieci: Jana Alberta, Karola Ferdynanda, Aleksandra Karola i Anny Katarzyny Konstancji.

Potrzeba pieniędzy, pożeranych przez kolejne wojny, popchnęła króla Zygmunta do skierowania niektórych synów na drogę kariery kościelnej. Jan Albert został administratorem diecezji warmińskiej a następnie kardynałem i biskupem krakowskim. Karol Ferdynand w wieku jedenastu lat był już administratorem wieczystym diecezji wrocławskiej, księciem nyskim, a później także opolsko-raciborskim. Pomimo pełnienia funkcji biskupich nigdy nie przyjął odpowiednich święceń kapłańskich - pozostał człowiekiem świeckim.

Najstarszy syn Władysław, który w dzieciństwie w latach 1610-1613 posiadał tytuł cara Rosji, był przez ojca izolowany od spraw publicznych, a zwłaszcza wojskowych. Zygmunt pozwolił zasiąść pierworodnemu synowi wśród senatorów królestwa dopiero w marcu 1632 roku, a więc na miesiąc przed swoją śmiercią. W listopadzie tego samego roku sejm elekcyjny wybrał Władysława królem Polski. W 1637 roku Władysław IV, wzorem swego ojca, poślubił księżniczkę z rodu Habsburgów, Cecylię Renatę. Po jej śmierci król ożenił się w 1646 roku z księżniczką francuską, Ludwiką Marią Gonzagą.

W tym czasie pośród królewskiego rodzeństwa tylko sytuacja Jana Kazimierza była nieustabilizowana. Ten niespokojny duch w 1638 roku na polecenie królewskiego brata wyruszył do Hiszpanii by objąć nadane mu stanowisko wicekróla Portugalii i admirała hiszpańskiego. Lekkomyślnie wylądował w porcie pozostającej w wojnie z Hiszpanią Francji. Na rozkaz kardynała Armanda Jeana Richelieu został tam uwięziony i wypuszczony dopiero w 1640 roku po interwencji Rzeczypospolitej i naciskach Stolicy Apostolskiej.

Po uwięzieniu życie księcia Jana Kazimierza zaczęło koncentrować się na celach duchowych. Po powrocie do Polski zapragnął zostać jezuitą i potajemnie udać się do Rzymu aby tam wypełnić swoje marzenie. Obydwie te propozycje przełożeni Towarzystwa Jezusowego w Warszawie odrzucili, co więcej, zaznajomili z nimi Nuncjusza, który niezwłocznie wysłał potajemne pismo do Sekretariatu Stanu w Rzymie.

Książę jednakże nie wyrzekł się swego zamiaru. Wyruszył do Włoch i w sierpniu 1643 roku dotarł do w Loreto. Zatrzymał się w jezuickim kolegium skąd 12 września skierował list do przełożonego generalnego zakonu, w celu zakomunikowania mu swojego zamiaru „wykonania świętego postanowienia służenia Panu w Towarzystwie Jezusowym” i aby prosić o pozwolenie na przybycie do Wiecznego Miasta „z powodu pragnienia jak najszybszego bycia między jego dziećmi”.

Odpowiedzią na list było wysłanie naprzeciw polskiemu księciu przez samego papieża Urbana VIII, specjalnego posłańca Valeria Santacroce, bratanka kardynała Antonia Santacroce, który był w tym czasie nuncjuszem w Polsce.

W tym samym czasie w Loreto przebywał franciszkanin, ojciec Lorenzo Brancati da Lauria, znany później naukowiec i kardynał. To najprawdopodobniej on namówił księcia do wyruszenia do Asyżu i do spotkania się z ojcem Józefem z Kupertynu.

Ojciec Józef był już wtedy znany w Polsce, częściowo z powodu braci Polaków z zakonu franciszkańskiego przebywających na stałe lub czasowo w Asyżu. Częściowo jego sława dotarła na dwór warszawski i do uszu księcia z powodu licznych możnych, którzy w czasie swoich pielgrzymek do Rzymu nawiedzali po drodze również grób świętego Franciszka. Szczególne znaczenie miało tutaj świadectwo Karola Zygmunta Radziwiłła. Dostojnik ten, stojący na czele katolickiej linii rodziny, książę Cesarstwa Rzymskiego i pan na Nieświeżu, podczas pobytu w Asyżu poznał Józefa z Kupertynu, wtedy już otaczanego nimbem świętości. Radziwiłł często powracał do Asyżu aby skorzystać z porad duchowych i nacieszyć się rozmową ze świętym zakonnikiem. Dlatego też dotknięty ciężką chorobą Karol Zygmunt rozkazał się przewieźć do Asyżu. Wsparty słowami swego ojca duchownego umarł w styczniu 1643 roku i został pochowany w asyskiej bazylice dolnej, w kaplicy świętego Marcina.

W towarzystwie szlachetnego Valerio Santacroce, franciszkanina Lorenzo Brancati oraz jezuity Aleksandra Pellegrini, najjaśniejszy książę niezwłocznie wyruszył do Asyża aby otrzymać od brata Józefa z Kupertynu radę na temat nowej drogi, którą postanowił obrać.

Kim był Józef z Kupertynu?

Brat Józef urodził się w Kupertynie, w Apulii (w południowych Włoszech) dnia 17 czerwca 1603 roku. Jego ojciec, Feliks Desa, z zawodu kołodziej i stróż zamku hrabiów z Kupertynu, był zbiegiem poszukiwanym przez wymiar sprawiedliwości za gwarancje podpisane ze zbytnią naiwnością przy żyrowaniu pożyczek przyjaciołom niegodnym zaufania. Wychowanie Józefa i jego siostry Livii spadło na matkę Franceschinę, kobietę o mocnych biodrach i twardych łokciach, gotową zawsze do pokonania wszelkich przeciwności.

Józef czuł głos powołania już od dzieciństwa, kiedy to z upodobaniem wsłuchiwał się w głos organów a Bóg zaszczepił mu w sercu pragnienie zostania kapłanem. Wszystko jednak sprzysięgło się przeciwko niemu: ojciec skazaniec, bolesna zgorzel na pośladkach, która szybko wykluczyła go ze szkoły, nieudolność nawet w rzemiośle szewskim, którego próbował się nauczyć, pogarda dobrze sytuowanych krewnych - między innymi trzech wujów piastujących wysokie godności w zakonie franciszkańskim.

Józef chciał zostać bratem zakonnym w pobliskim klasztorze reformatów, ale wyznaczone mu długie oczekiwanie na przyjęcie odwiodło go od tego zamiaru. Wstąpił wreszcie do kapucynów, ale został wyrzucony po kilku miesiącach ze względu na swoją niezręczność i nieustanne - co prawda nieumyślne - niszczenie różnych sprzętów zakonnych.

Po śmierci ojca, który zmarł w 1621 roku, doszły kolejne kłopoty - to Józef był teraz poszukiwany przez prawo za jego długi. Ukrył się więc w sanktuarium w Grotella prowadzonym przez franciszkanów. Czczona tam Maryja od tego momentu stała się dla niego prawdziwą mamą.

W końcu z litości bracia pozwolili mu przywdziać tunikę tercjarza i wyznaczyli mu pracę w stajni. Po pewnym czasie przypadkowo odkryto, że Józef dukając, składając nieudolnie litery, ale jednak czyta po nocach. Ta wiadomość stała się kluczem, który otworzył serce jego wpływowego wuja, ojca Giandonato Caputo, byłego prowincjała Apulii oraz prowincji polskiej, brata przyrodniego jego matki. Ojciec Caputo postanowił przyjąć krewniaka do zakonu i wyświęcić na prostego kapłana. Opiekę nad Józefem przejął kolejny wuj, który prowadził jego trzyletnie przygotowanie do kapłaństwa. Józef okazał się bardzo słabym studentem, z ogromnymi problemami pokonującym kolejne egzaminy. 

Pierwszy z egzaminów przed święceniami diakonatu wymagał od świętego znajomości i umiejętności tłumaczenia Pisma Świętego. Ograniczone zdolności naukowe Józefa stanowiły poważną przeszkodę w jego zaliczeniu. Świadom tego Józef powierzył się Błogosławionej Dziewicy z Grotella, do której miał wielkie nabożeństwo. Uczynił wszystko, co było w jego mocy, by pomyślnie przejść egzamin. Nauczył się na pamięć najkrótszej w całym roku perykopy ewangelijnej, jaką Kościół wyznacza na święta maryjne. Była to perykopa o kobiecie, która woła spośród tłumu do Jezusa: "Błogosławione łono, które Cię nosiło", a Jezus odpowiada: "Błogosławieni, którzy słuchają Słowa Bożego i zachowują je". Ufając Bożej Opatrzności przystąpił do egzaminu. Egzaminator, biskup Girolamo de Franchis, otworzył na chybił-trafił księgę Ewangelii i podał Józefowi do skomentowania fragment, który miał przed oczami. Józef spojrzawszy w tekst zaczął czytać: "In illo tempore, loquente Jesu ad turbas, quaedam mulier...". Był to dokładnie ten jedyny fragment, który opanował Józef. Tym sposobem pomyślnie przebrnął przez swój pierwszy egzamin otwierający mu drogę do święceń diakonatu. 

Druga próba czekała Józefa przed święceniami prezbiteratu. Była ona trudniejsza. Józef musiał opanować dogmatykę, prawo kanoniczne i inne wymagane przedmioty. Egzaminatorem miał być biskup Deti, słynący ze swej surowości wobec egzaminowanych. Józefowi zaś nawet czytanie sprawiało pewną trudność. Znając swoje ograniczenia, spędzał godziny na modlitwie. Nie zaniedbywał przy tym nauki, której ofiarnie poświęcał wiele czasu. Również i przed tym egzaminem Józef polecił się opiece Najświętszej Matce Boga. Biskup Deti rozpoczął egzamin z właściwym sobie rygoryzmem. Szczęśliwie, każdy kleryk przechodził ten egzamin zadowalająco. Gdy przyszła kolej na Józefa nieoczekiwanie przybył goniec z listami dla biskupa. Niecierpliwy egzaminator złamał pieczęcie i zaczął czytać zapomniawszy o egzaminach. Nie zdawał sobie sprawy jakie cierpienia przeżywał pod drzwiami sali egzaminacyjnej młody kleryk, który modlił się całą minioną noc. W końcu biskup, ujęty pomyślnymi wiadomościami z listów, zaniechał dalszego egzaminowania. Usatysfakcjonowany wynikami osób już przeegzaminowanych orzekł, że na pewno pozostali klerycy są równie dobrze przygotowani. Egzamin został zaliczony. Józef nie posiadając się z radości dziękował Bożemu Majestatowi oraz Najświętszej Dziewicy. 

Następnego dnia przyjął święcenia kapłańskie. Zdanie egzaminów i dopuszczenie go do święceń kapłańskich w roku 1628 sam zawsze uważał za cud.

Wszystko jednak zmierzało drogą przygotowaną przez Boga. Do tego, który niegdyś pobyt w zakonie rozpoczynał jako stajenny teraz zaczęli przybywać ludzie nawet z bardzo daleka, pragnąc aby stał się ich pasterzem. Jednak wkrótce okazało się, że był to początek kolejnych problemów ojca Józefa.

Bóg obdarzył go niezwykłą wrażliwością na wszystko, co wiąże się z życiem religijnym. W stan zachwycenia i kontemplacji wprawiał go dźwięk dzwonów kościelnych, obrazy, zapach kadzidła, wymawiane imię Chrystusa, Maryi lub świętych. Ten zachwyt był niekiedy tak intensywny, że Józef w czasie modlitwy unosił się nad ziemię. Z tego stanu mogło go wyprowadzić jedynie polecenie przełożonego. Istnieje siedemnaście udokumentowanych przypadków lewitacji (czyli unoszenia się) świętego Józefa z Kupertynu.

Zdarzało się, że Józef modląc się z zakonnikami w kaplicy klasztornej nagle unosił się i zastygał nieruchomo w powietrzu. Innym razem, kiedy odprawiał Mszę świętą, ku zaskoczeniu wszystkich, wzbił się w górę, wydając okrzyki pełne zachwytu i radości. Kiedy wracała mu świadomość zawstydzony jak najszybciej zakładał kaptur i uciekał do swojej celi zakonnej.

Józef dokonywał wielu innych nadzwyczajnych rzeczy. Miał wpływ na siły przyrody, zwierzęta były mu posłuszne, dokonywał licznych uzdrowień, czytał w ludzkich sumieniach, przewidywał przyszłość. To powodowało, że już za życia obwołano go świętym. Józef uciekał jednak przed takim uwielbieniem. Celowo używał poświęconego oleju, relikwii świętych i tłumaczył ludziom, że to one, a nie on prosty zakonnik, są sprawcami cudów.

Usilnie prosił Matkę Bożą o uwolnienie go od publicznych ekstaz. Prośba została wysłuchana, ale Józef po skończonej celebracji szybko opuszczał kaplicę, aby zdążyć do celi zakonnej zanim zostanie porwany przez nadprzyrodzony zachwyt. Z tymi nadprzyrodzonymi darami łączyło się jednak i cierpienie. Józef, kiedy był sam, drogo płacił za swoje nadzwyczajne łaski - po nocach był nękany przez odwiecznego przeciwnika.

Ludzie kierowani ciekawością zaczęli przybywać nie tyko z Włoch, ale nawet z innych krajów aby na własne oczy zobaczyć "latającego zakonnika". Doprowadzało to do dezorganizacji porządku w kościele i życia w klasztorze. Dlatego zakazano Józefowi publicznego sprawowania Mszy świętej, zabroniono udziału w modlitwach wspólnotowych w kaplicy i spożywania posiłków razem z innymi zakonnikami.

Te niezwykłe charyzmaty wzbudzały u współbraci i wiernych nie tylko podziw, ale stały się też przedmiotem podejrzeń o jego kontakty z siłami nieczystymi, a stąd już był tylko krok do dochodzenia inkwizycji.

Święte Oficjum, ówczesna Kongregacja Nauki Wiary, czyli Inkwizycja, postanowiła zbadać przypadek tego niezwykłego zakonnika. Ostatecznie orzeczono, że źródło jego zachowania jest nadprzyrodzone i pochodzi od Boga. Dla uspokojenia rozemocjonowanych wiernych polecono jednak aby Józef opuścił umiłowaną przez niego Grotellę. Wysłano go do Asyżu, do którego przybył 30 kwietnia 1639 roku.

Wpadł w ekstazę gdy z daleka zobaczył asyski kompleks klasztorny, a kiedy wszedł do bazyliki i zobaczył Madonnę Cimabuego krzyknął: „Mamo i tu za mną przyszłaś!”. Szybko jednak zgasło nad nim światło. Przez pierwsze lata pobytu w Asyżu przeżywał wewnętrzny kryzys z powodu zmniejszenia się cudownych wydarzeń, milczenia Boga, tęsknoty za ojczystymi stronami i swoją pracą apostolską. Ciążyła na nim dodatkowo sroga ręka przełożonego konwentu, a także niezrozumienie ze strony wielu współbraci. Dokuczało mu też zamknięcie w wydzielonej części klasztoru, której nie mógł opuszczać. Zmuszony był odprawiać samotnie Mszę świętą w odizolowanej kaplicy.

Nie brakowało jednak i chwil pocieszenia, momentów, w których pomagał innym, pocieszał, doradzał. Jednak Józef przeżywał wtedy swoją „noc ciemną”. I właśnie wtedy Bóg skrzyżował ścieżkę jego życia z drogą syna byłego i bratem ówczesnego króla Polski. To spotkanie miało odmienić życie Józefa i zakończyć trwający przez długi czas kryzys.

Spotkanie rozpoczęło się w kaplicy, gdzie, jak to było stałym zwyczajem Józefa, wspólnie z gościem odmówili "Litanię loretańską". Potem zaczęła się rozmowa. Z pewnością rozmawiali o sprawach rodzinnych Jana Kazimierza, ale także o życiu zakonnym i duchownym, które książe chciał obrać. Józef odpowiedział księciu krótko: „Nie będziesz ani księdzem, ani jezuitą”, powodując w ten sposób zachwianie marzeń Jana Kazimierza o życiu mistycznym i czyniąc praktycznie bezużytecznym jego przyjazd do Włoch. Józef nie odwodził jednak Jana Kazimierza od wstąpienia do nowicjatu jezuitów, zdając sobie sprawę, że próba trwa dwa lata i przez ten czas wiele może się wydarzyć.

Wstąpienie księcia do nowicjatu miało miejsce 24 września 1643 roku. Papież Urban podzielił się tą radosną wiadomością z królem Władysławem, który jednak nie okazał entuzjazmu. Wręcz przeciwnie, oskarżył brata o nieustanne działanie tylko po swojej myśli, bez liczenia się z interesami królestwa i dynastycznymi.

Czas nowicjatu dla Jana Kazimierza nie przebiegał spokojnie. Nie było postępów w życiu duchowym, pojawiły się wątpliwości i pokusy. Jan Kazimierz poprzez posłańców wielokrotnie prosił Józefa o poradę i wsparcie. Odpowiedzi Józefa zawsze pokorne i roztropne, nie były jednak w stanie pocieszyć rozdartego serca nowicjusza. Jan Kazimierz zapragnął ponownego spotkania, jednak jako nowicjusz według prawa kanonicznego nie mógł opuszczać wyznaczonego klasztoru. Spróbował więc rzeczy, która wydała się niemożliwa: postanowił sprowadzić Józefa do Rzymu.

Kuria generalna franciszkanów, ze względu na tak wysoką pozycję społeczną proszącego, nie mogła oczywiście odmówić. List obediencyjny wezwał Józefa na czas Wielkiego Postu 1644 roku do Rzymu. Fakt ten dla Józefa wydał się cudem. Jego kryzys jeszcze się nie skończył. Wciąż prosił władze kościelne o możliwość powrotu do ojczystych stron. Stąd nawet to chwilowe opuszczenie zamknięcia w Asyżu stało się dla niego bardzo radosnym wydarzeniem. Kiedy wędrował do Rzymu, planował po przybyciu na miejsce prosić generała o możliwość powrotu do ukochanej Grotelli. Kiedy jednak stanął u bram miasta, doznał wewnętrznego oświecenia i zawołał do swego towarzysza podróży: „Będziemy musieli wrócić do Asyża”. Wtedy też kryzys zaczął ustępować jak mgła przed słońcem.

Doszło więc do kolejnego spotkania Jana Kazimierza z Józefem z Kupertynu. Książę jednak nie otrzymał rady innej od poprzedniej. „Proszę się wstrzymać z przyjmowaniem święceń i oczekiwać woli Bożej, która rychło się objawi” – to słowa Józefa. 

Nie skończyły się więc duchowe przeciwności nowicjusza z rodu królewskiego. Jego królewski brat podjął starania aby przyjął święcenia z rąk papieża. Jednakże w międzyczasie 29 lipca 1644 roku zmarł Urban VIII. 15 września został wybrany nowy papież, który przyjął imię Innocentego X. Król Władysław pośpiesznie wysłał mu wyrazy uszanowania i w tym samym momencie prośbę o włączenie brata Jana Kazimierza w poczet kolegium kardynalskiego na miejsce przypadające Polsce. W ten sposób chciał także definitywnie rozwiązać kwestię niefortunnego wstąpienia brata do jezuitów. Papież po audiencji, której udzielił Janowi Kazimierzowi, a podczas której ten podtrzymał wolę pozostania u jezuitów, wysłał list do króla Władysława prosząc o przedstawienie definitywne prośby na piśmie, gdyż dotychczas była ona przedstawiona tylko ustami posła królewskiego. Papież obiecał spełnić prośbę po wypełnieniu wszystkich formalności, ale tymczasowo zwiesił całą sprawę.

W tym samym czasie gdy następowała wymiana listów między Rzymem a Warszawą, następowała również wymiana korespondencji między Rzymem a Asyżem. Na jeden z pocieszających listów Józefa Jan Kazimierz odpowiedział opisując całą wynikłą sytuację oraz z entuzjazmem pisząc o łączącej go z Józefem miłości braterskiej. 

Po upływie pierwszego roku nowicjatu Jan Kazimierz poprosił o to, aby drugi rok mógł odbyć w Loreto, na co uzyskał zgodę przełożonych i błogosławieństwo samego papieża. Po drodze oczywiście odwiedził Asyż. Gdy Józef zobaczył go ubranego w strój jezuity zawołał: „Szpada, szpada. Nie pasuje ci ten habit”.

Mimo wszystko Jan Kazimierz rozpoczął drugi rok nowicjatu. Rosły jednak naciski ze strony Władysława aby porzucił życie zakonne. Brat posunął się nawet do zagrożenia, że w wypadku złożenia ślubów i przyjęcia święceń zostanie pozbawiony, w wypadku ewentualnej nowej elekcji, możliwości wstąpienia na tron. Kiedy również papież Innocenty nie chcąc zrażać do siebie króla, którego sił i wojsk potrzebował w obronie przed protestantami i Turkami, wycofał swoje poparcie dla zamiarów Jana Kazimierza, ten po ukończeniu drugiego roku nowicjatu wystąpił od jezuitów. Natychmiast potem udał się na spotkanie z Józefem do Asyżu. Tym razem Jego Wysokość przybył ubrany w szlachecki, wojskowy strój. Józef zobaczywszy go nie krył satysfakcji: „Tak zrobisz dla chrześcijaństwa o wiele więcej niż jako zakonnik”. Być może Józef mówiąc to miał na myśli nieustające zagrożenie ze strony tureckiej.

Z Asyżu Jan Kazimierz udał się w okolice Rzymu aby oczekiwać na nadanie mu tytułu kardynalskiego. Nastąpiło to po kilku miesiącach, 28 maja 1646 roku, na sekretnym konsystorzu specjalnie zwołanym w tym celu przez papieża. Król Władysław nie omieszkał natychmiast wysłać posłów z podziękowaniem dla papieża i wydać rozporządzenia, aby przygotować rezydencję biskupów krakowskich dla nowego kardynała.

W październiku 1646 roku na uroczystość świętego Franciszka nowo mianowany kardynał przybył do Asyżu. Doszło do kolejnego spotkania. I tym razem widząc Jana Kazimierza ubranego w kardynalskie suknie Józef nie wyraził entuzjazmu. Także teraz Józef musiał rozpocząć dyskurs o szpadzie w ręku księcia, gdyż ten w końcu wprost zapytał: „Mogę lepiej służyć Bogu w birecie kardynalskim czy ze szpadą w ręku?”. Józef odparł: „Moim zdaniem ze szpadą”, a potem dodał: „Idź w pokoju, nie będziesz ani jezuitą ani kardynałem”. Kiedy nadszedł czas ostatecznego rozstania z księciem, który miał wyruszyć w drogę powrotną do Polski, na pożegnanie Józef, tym razem już w sposób bezpośredni, przepowiedział Janowi Kazimierzowi, że zostanie królem a jego panowanie będzie naznaczone smutkiem i cierpieniem.

  Po powrocie do Polski Jan Kazimierz wbrew stanowisku króla i kościoła prezentował się w świeckich szatach, ze szpadą u boku. Mówił oficjalnie, że pragnie wyrzec się godności kardynalskiej. Brał udział wraz z królem w polowaniach i być może udało mu się przekonać do swoich projektów królewskiego brata. Zmieniła się również sytuacja polityczna kraju. Umarł spadkobierca Władysława, jego jedyny syn Zygmunt Kazimierz, a król ciężko zapadł na zdrowiu. Władysław IV coraz bardziej zdawał sobie sprawę, że jego przyrodni brat jest jego najlepszym potencjalnym następcą.

W kwietniu 1648 roku pomimo pogarszającego się stanu zdrowia króla i krytycznej sytuacji w kraju, którego rubieże zostały ogarnięte powstaniem kozackim i były nękane hordami tatarskimi, Jan Kazimierz wyruszył do Włoch. Oficjalnie aby poddać się leczeniu w wodach koło Nocery, ale można z dużą pewnością przypuszczać, że pragnął odwiedzić również pobliski Asyż i kolejny raz spotkać się z Józefem z Kupertynu.

Książę dotarł jednak tylko do Wiednia, dokąd nadeszła wiadomość o śmierci jego królewskiego brata. Problem sukcesji pozostawał otwarty. Jan Kazimierz natychmiast napisał do papieża list, w którym podkreślił, że jest gotowy stanąć na czele królestwa. Odpowiedź papieża była niezwykle szybka. Na konsystorzu, który odbył się 6 lipca przyjął zrzeczenie się przez Jana Kazimierza kapelusza kardynalskiego i wszystkich z tym związanych przywilejów.

Jedynymi poważnymi kandydatami do tronu polskiego byli dwaj bracia Wazowie: Jan Kazimierz i Karol Ferdynand, który również był gotowy wyrzec się kariery kościelnej. Niepomyślny przebieg wojny i ostateczne zrzeczenie się kandydowania ze strony Karola Ferdynanda, doprowadziło do wyboru 20 listopada Jana Kazimierza na króla Polski. Mimo początkowych oporów ze strony części dostojników i samej Ludwiki Marii, wdowy po zmarłym bracie, 29 maja 1649 roku doszło do zawarcia małżeństwa z nowym królem.

Panowanie Jana Kazimierza naznaczone było nieustannymi wojnami i wewnętrznymi problemami kraju. Sprawdziło się proroctwo Józefa o panowaniu pełnym cierpienia i przeciwności. Król nigdy nie zapomniał o swoim asyskim przyjacielu - utrzymywał z nim w miarę systematyczną korespondencję, zlecając pisanie listów sekretarzowi, ale zachowały się również i te pisane własnoręcznie przez króla. Prosił w nich Józefa o modlitwę w intencji swojej, królowej i królestwa. Dzielił się bólem po stracie córki i syna. Józef zapewniał króla o swoich modlitwach, dodawał mu otuchy i prosił o zdanie się na Bożą Opatrzność. 

W 1653 roku ciężki cios spadł również na Józefa. Z rozkazu inkwizycji po czternastu latach pobytu został wydalony z Asyżu i osadzony w zagubionej w górach kapucyńskiej pustelni. Dodatkowo Józef otrzymał zakaz spotkań, otrzymywania listów i opuszczania miejsca zamknięcia. Inkwizytor zapomniał jednak poinformować o zakazie publicznego sprawowania sakramentów, a ponieważ wieść o przybyciu Józefa już się rozeszła, malutki kościółek codziennie wypełniał gęstniejący tłum wiernych pragnących uczestniczyć we Mszy świętej sprawowanej o świcie przez ojca Józefa. Nie trzeba było długo czekać na interwencję. Wkrótce nadeszła kolejna decyzja o potajemnym przeniesieniu do innej kapucyńskiej pustelni i zachowania miejsca pobytu Józefa z Kupertynu w całkowitej tajemnicy. Nie pomogło bezpośrednie wstawiennictwo u papieża ogromnej rzeszy dostojników duchownych i świeckich. Decyzja ta dotknęła boleśnie i samego Jana Kazimierza, nie pozostało mu jednak nic innego jak pozostać posłusznym ostatniej radzie Józefa z Kupertynu przekazanej za pośrednictwem biskupa krakowskiego Piotra Gembickiego - oddania się pod opiekę Maryi, której wizerunek znajdował się w jego królewskim namiocie.

Rankiem 8 stycznia 1655 roku umarł papież Innocenty. Józef, który w wizji widział śmierć papieża poinformował o tym zakonników. Niektórzy jednak wobec wcześniejszych wieści o poprawie zdrowia papieża wyśmiewali go. Nazajutrz informacja została mimo wszystko potwierdzona. Nowym papieżem został Aleksander VII. Na nowo wiele szlachetnie urodzonych i wpływowych osób podjęło u papieża próbę zwolnienia Józefa z Kupertynu z zamknięcia i odwołania zakazu spotkań. Również franciszkanie prosili o powrót z wygnania swojego współbrata do jednego z ich klasztorów, a wśród proszących jednym z pierwszych był prowincjał polski.

Jan Kazimierz w tym samym czasie przeżywał ciężkie chwile potopu szwedzkiego. Najazd Szwedów na Rzeczypospolitą w 1655 roku nie spotkał się początkowo z większym oporem i wojska szwedzkie zalały w krótkim czasie prawie całe terytorium Korony i część Litwy. Prawie wszystkie województwa koronne przeszły na stronę króla Szwecji Karola X Gustawa, porzucając tym samym Jana Kazimierza. Król udał się 17 października na austriacki Śląsk do Głogówka. 20 listopada wydał w Opolu uniwersał do narodu, wzywając w nim wszystkie stany do zbrojnego powstania przeciwko Szwedom. Szala zwycięstwa zaczęła się przechylać na korzyść Polaków jednak dopiero po udanej obronie Jasnej Góry i zawiązaniu przy królu konfederacji tyszowieckiej. Król, pragnąc podziękować za szczęśliwy obrót spraw, złożył we Lwowie 1 kwietnia 1656 roku śluby, w których obiecał poprawę doli narodu i oddał swe Królestwo w macierzyńską opiekę Maryi. Ostatecznie Szwedzi zostali wyparci z terenów Rzeczypospolitej w 1660 roku.

Wraz z oswabadzaniem Polski z zalewu szwedzkiego postępowała również sprawa uwolnienia Józefa z Kupertynu. Ostatecznie w 1656 roku pozwolono mu potajemnie wrócić do klasztoru franciszkańskiego, ale podtrzymano zakaz spotkań i publicznego sprawowania sakramentów. Józef został skierowany do leżącego opodal Loreto Osimo, gdzie przebywał, jak zresztą sam to przepowiedział w momencie przybycia, aż do śmierci - czyli do 17 września 1663 roku. Papież Benedykt XI beatyfikował go w 1753 roku, a Klemens XIII kanonizował w roku 1767. Wspomnienie liturgiczne św. Józefa z Kupertynu przypada 19 września.

Jan II Kazimierz Waza, zmęczony wojnami i wewnętrznymi sporami z magnaterią, zrzekł się korony 16 września 1668 i 30 kwietnia 1669 roku wyjechał do Francji, gdzie ponownie został jezuitą i zmarł po czterech latach 16 grudnia 1672 roku. Cztery lata później jego ciało zostało przeniesione do katedry wawelskiej a jego serce pozostało w kościele Saint-Germain-des-Prés w Paryżu.