Program zajęć w Instytucie Studiów Franciszkańskich daje możliwość poznania szeroko rozumianej kultury franciszkańskiej: od historycznych źródeł (pism św. Franciszka i św. Klary oraz pism hagiograficznych) poprzez dokonania wybitnych przedstawicieli franciszkańskiej myśli filozoficznej i teologicznej aż po ekologię i elementy psychologii. Szczególne miejsce w programie zajmuje studium historii franciszkanizmu oraz systematycznej duchowości franciszkańskiej. Szczegóły określa program studiów.