Instytut Studiów Franciszkańskich organizuje następujące serie sesji naukowych:

• Sesja franciszkańska
  Podejmowane są tematy z duchowości franciszkańskiej, inspirowane osobą i dziełem św. Franciszka oraz innych świętych franciszkańskich.
  
  
• Sesja kolbiańska
  
We współpracy z Wyższym Seminarium Duchownym Franciszkanów im. św. Maksymiliana Marii Kolbego w Krakowie.
Podejmowane są tematy inspirowane życiem i działalnością franciszkanina, św. Maksymiliana Marii Kolbego.


• Cykl konferencji naukowych "Terytoria"
  Podejmowana jest refleksja nad zetknięciem się kultury chrześcijańskiej reprezentowanej przez franciszkanów z rodzimymi kulturami różnych rejonów świata. Chodzi o przywołanie znamiennych faktów historycznych głównie z początków prężnego ruchu franciszkańskiego i ich znaczenia dla późniejszej historii. Chodzi też o odpowiedź na pytanie, co z pierwotnych doświadczeń pozostaje wciąż aktualne, bądź prowokuje do nowych przemyśleń.