Jako biskup był osobą wpływową. Udało mu się uzyskać u papieża Grzegorza VII pozwolenie na wskrzeszenie metropolii gnieźnieńskiej, co pozbawiło metropolię magdeburską roszczeń do władzy nad diecezjami polskimi. Mimo wsparcia, którego udzielał mu Bolesław Śmiały, Stanisław pozostawał z królem w konflikcie – niejednokrotnie upominał władcę za niewłaściwe postępowanie i sianie publicznego zgorszenia. Według kronikarzy, Wincentego z Kielczy i Wincentego Kadłubka,  konflikt między biskupem a królem osiągnął apogeum po wyprawie kijowskiej, podczas której część żon rycerzy zdradzała mężów a wielu poddanych buntowało się i zajmowało posiadłości swoich panów. Gdy biorący udział w wyprawie dowiedzieli się o tym, powrócili wbrew woli króla do kraju, karząc żony oraz buntowników. Bolesław Śmiały okrutnie mszcząc się na rycerzach, którzy go opuścili, sprowokował biskupa do rzucenia na niego klątwy. Król w odpowiedzi kazał swoim dworzanom pojmać Stanisława odprawiającego Mszę świętą w kościele św. Michała na Skałce. Gdy ci nie mieli odwagi, król sam zamordował biskupa 11 kwietnia 1079 roku. Jego ciało kazał poćwiartować.

Pierwsze kroki w sprawie kanonizacji męczennika podjął papież Grzegorz VII, ale ze względu na sytuację papiestwa i rozbicie dzielnicowe Polski nie udało się jej doprowadzić do końca. Ponownie kanonizacją zajął się dopiero w 1229 roku biskup Iwo Odrowąż a jego zabiegi kontynuował biskup Jan Prandota. I tu na scenę wkroczyli franciszkanie, którzy należeli wówczas do elity intelektualnej i religijnej w Polsce. Posiadali także wpływy na dworze książęcym dzięki Salomei i Kindze. Nie dziwi więc fakt, że wzięli udział w najważniejszym wydarzeniu tamtych czasów, które pod względem doniosłości można być może zestawić jedynie z koronacją Przemysła po rozbiciu dzielnicowym.

W roku 1250 papież Innocenty IV wyznaczył specjalną komisję do przeprowadzenia procesu kanonizacyjnego, w której skład weszli arcybiskup gnieźnieński, biskup wrocławski i opat lubiąski. Sporządziła ona protokół, z którym w 1251 roku do Rzymu wysłani zostali doktor dekretów, mistrz Jakub ze Skarszewa, mistrz Gerard, dominikanie i franciszkanie. Papież zlecił uzupełnienie prac komisji i wysłał do Polski franciszkanina, Jakuba z Velletri, aby ponownie zbadał księgę cudów i sprawdził czy kult był oddawany nieprzerwanie. Jakub zamieszkał w klasztorze krakowskich franciszkanów, w którym gwardianem był w tym czasie Benedykt Polak, wcześniejszy towarzysz posła papieskiego Jana di Piano Carpiniego do chana Mongołów.

Wiadomo, że jednym z zastrzeżeń Jakuba odnośnie kanonizacji Stanisława była nieaktualność sprawy – w końcu męczennik zginął dwa wieki wcześniej. W tej sprawie przeważyło jednak zdanie franciszkanów, a w szczególności Benedykta Polaka, który pamiętając z niedawnej wyprawy schizmatycką Ruś i pogan, poparł kanonizację ze względu na bliskość krajów, w których należy szerzyć wiarę katolicką (czemu męczeński przykład Stanisława mógłby służyć). Nie wykluczone, że argument misyjny został celowo podkreślony, gdyż powszechnie wiadome było, iż misja wschodnia była istotna dla Stolicy Apostolskiej z papieżem Innocentym IV na czele.

Sprawa kanonizacji nie była także obojętna ówczesnemu księciu krakowskiemu, Bolesławowi Wstydliwemu, bratu Salomei i mężowi Kingi, związanemu z franciszkanami i w ich kościele także później pochowanemu. W Krakowie bowiem kanonizacja zyskała także wymiar monarchistyczny. Obrosła wokół niej legenda, że tak, jak miało zrosnąć się poćwiartowane ciało Stanisława, tak i zrośnie się wreszcie Polska pod rządami Krakowa po rozbiciu dzielnicowym.

Kanonizacja mająca miejsce po rewizji procesu odbyła się w 1253 roku także u franciszkanów - w Bazylice św. Franciszka w Asyżu, w której do dziś znajduje się kaplica dedykowana polskiemu świętemu. Wspomnienie liturgiczne św. Stanisława, głównego patrona Polski, Kościół katolicki obchodzi 8 maja.

Legenda podaje, że z kanonizacją św. Stanisława wiąże się także powstanie galerii biskupów krakowskich w krużgankach klasztoru franciszkanów w Krakowie. Posłowie polscy biorący udział w uroczystościach kanonizacyjnych w Asyżu, zobowiązali się, że każdy nowy biskup ordynariusz krakowski będzie wysyłał do asyskiej bazyliki swój portret i 100 sztuk złota. Biorąc pod uwagę średniowieczne realia, wśród których znajduje się duża, jak na owe czasy, odległość między Krakowem a Asyżem, kłopoty komunikacyjne i niebezpieczeństwa na drogach, postanowiono, iż w zamian za srebrną, trzyłokciową figurę św. Franciszka, krakowski konwent przejął prawo do otrzymywania owych portretów.

Początkowo portrety biskupów malowano metodą freskową na polach arkad krużganków. Zaczynały się od biskupa Rachelina (1032/3-1045/6 lub1034-1047), a kończyły na kardynale Fryderyku Jagiellończyku (1488-1503). Dawniej było ich 34, do dziś zachowało się tylko 13. Właściwą galerię biskupów krakowskich tworzą jednak portrety malowane na deskach. Duża część tych portretów znajduje się we wschodnim ramieniu krużganków. Część kolekcji stanowią także portrety malowane na płótnie, znajdujące się w ramieniu południowym i zachodnim oraz w kaplicy Włoskiej. Wojny i pożary spowodowały uszczerbek tej niezwykłej kolekcji. Dziś składa się na nią 31 portretów. Ostatnim umieszczonym w krużgankach franciszkańskiego klasztoru wizerunkiem, jest portret Karola Wojtyły w stroju papieża Jana Pawła II. Brak natomiast portretu kardynała Franciszka Macharskiego, który przeszedł na emeryturę w 2005 roku.

k.gorgoń