Struktura organizacyjna
W ramach ISF funkcjonują:

• Franciszkańskie Studium Formacyjne
  
• Ośrodek Studiów Franciszkańskich na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II (OSF rządzi się swoim statutem zatwierdzonym przez senat uczelni).
• Szkoła Duchowości Franciszkańskiej

Działalność
Sposoby realizacji zadań ISF:

• prowadzenie wykładów w ramach FSF i SDF
  
• organizowanie sesji i konferencji naukowych
• organizowanie wykładów i spotkań otwartych
• organizowanie szkoleń
• działalność wydawnicza.

Dydaktyka
Działalność dydaktyczną ISF realizuje w trzech sektorach: