Instytut Studiów Franciszkańskich powstał w Krakowie w 1998 roku. Został erygowany w dzień bł. Salomei, 19 listopada 1998 roku, decyzją Konferencji Prowincjałów Franciszkańskich, którą tworzą przełożeni 10 polskich prowincji franciszkańskich (OFM, OFMConv i OFMCap).