Instytut Studiów Franciszkańskich powstał w Krakowie w 1998 roku.
Został erygowany w dzień bł. Salomei, 19 listopada 1998 roku, decyzją Konferencji Prowincjałów Franciszkańskich, którą tworzą przełożeni 10 polskich prowincji franciszkańskich (OFM, OFMConv i OFMCap).

Działalność dydaktyczną rozpoczął 13 lutego 1999 roku.

Siedzibą ISF jest Kraków.
Sekretariat znajduje się przy ul. Franciszkańskiej 4, sale wykładowe przy ul. Franciszkańskiej 4 i przy ul. Reformackiej.