Instytut Studiów Franciszkańskich prowadzi działalność wydawniczą upowszechniającą myśl o św. Franciszku oraz szeroko rozumianą kulturę franciszkańską. Publikacje ukazują się w trzech seriach:

• Biblioteka Instytutu Studiów Franciszkańskich
  książki zawierają materiały z poszczególnych Sesji franciszkańskich oraz inne nieobszerne prezentacje wybranych zagadnień dotyczących franciszkanizmu
  
  
• Seria kolbiańska 
  książki zawierają materiały z poszczególnych Sesji kolbiańskich
  
  
• Studia - seria Ośrodka Studiów Franciszkańskich
  książki prezentujące wyniki nowych badań z zakresu franciszkanizmu - w większości są to prace doktorskie
  
  
• Terytoria
  monografie ukazujące spotkanie franciszkanów z kulturami różnych rejonów świata.